証明書等の運用規定を決めている団体「CA/Browser Forum」において、
「メール認証でWHOISに掲載された連絡先情報を使用することを取りやめる」
という議論が進められております。

採択されることは確実な状況で、すでに、申請承認メールの送信先に、
WHOIS登録メールアドレスを含めない方針に切り替えた認証局もあります。

申請承認メールの候補にWHOIS登録メールアドレスが表示されない場合、
大変恐れ入りますが、コモンネームをベースとしたメールアドレスの
利用をお願いいたします

また、ファイル認証、DNS認証に切り替えることもできます。
お申し込み時に備考欄でお問い合わせください
(申込フォームにも実装予定です)。

【参考】
CA/Browser Forum
Ballot SC-80v3: Sunset the use of WHOIS to identify Domain Contacts and relying DCV Methods
https://cabforum.org/2024/11/14/ballot-sc-80v3-sunset-the-use-of-whois-to-identify-domain-contacts-and-relying-dcv-methods/

digicert
[DCV] SSL/TLSサーバ証明書のドメイン名の承認（メール認証・DCVメール）
https://knowledge.digicert.com/jp/solution/dcv-approval-email